Masaru, es un estudiante de segundo año de secundaria y está invicto en la batalla. Se encuentra con el monstruo digital Agumon, que ha escapado de DATS, una organización secreta del gobierno. A pesar de las terribles primeras impresiones, los dos se vuelven mejores amigos hablando con sus «puños». Con otros, Masaru y Agumon trabajan para investigar varios incidentes relacionados con Digital World y Digital Monsters, para tratar de llegar al fondo de las cosas.